สืบเนื่องจากระหว่างที่สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนิน เปิดงานนิทรรศการ CAS Innovation Expo (Bangkok) 2018 ณ ศูนย์การประชุมแห่งชาติสิริกิติ์ ในวันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2561 ศ.เกียรติคุณ นพ.เกษม วัฒชัย องคมนตรีและนายกสภามหาวิทยาลัยเชียงใหม่พร้อมด้วย ศ.ดร.ไพรัช ธัชยพงษ์ กรรมการและ เลขาธิการมูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริฯ ที่ปรึกษาและนักวิจัยอาวุโส สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี แห่งชาติ (สวทช.) ได้นำความก้าวหน้าผลการดำเนินงานของเครื่องเอกซเรย์คอมพิวเตอร์ 3 มิติแบบเคลื่อนย้ายได้ (MobiScan) ณ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ขึ้นกราบบังคมทูลสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงทราบ และทรงมีพระราชกระแสว่าควรจัดตั้งเป็น “ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ” ร่วมกันระหว่างมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ สวทช. และมูลนิธิฯ ทำนองเดียวกับที่เคยจัดตั้ง “ศูนย์สมเด็จพระเทพรัตนฯ แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ โรงพยาบาลจุฬลกรณ์ สภากาชาดไทย คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย” มาแล้ว และให้เชิญ ศ.กิตติคุณ นพ.จรัญ มหาทุมะรัตน์ หัวหน้าศูนย์สมเด็จพระเทพรัตนฯ แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มาร่วมเป็นที่ปรึกษาของโครงการจัดตั้งศูนย์นี้ด้วย
     หลังจากนั้นได้มีการจัดประชุมหารือร่วมกันเรื่องโครงการจัดตั้งศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ ณมหาวิทยาลัย เชียงใหม่ ครั้งที่ เมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2561 การประชุมครั้งนี้ ศ.ดร.ไพรัช ร้อมด้วย ศ.กิตติคุณ นพ.จรัญ และคณะได้ เดินทางมาประชุมร่วมกับ ศ.คลินิก นพ.นิเวศน์ นันทจิต อธิการบดีมหาวิทยาลัยเชียงใหม่และผู้ที่เกี่ยวข้องกับการจัตตั้งศูนย์แก้ไข ความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ ซึ่งที่ประชุมมีมติเห็นชอบและสนับสนุนให้จัดตั้งศูนย์ฯ ดังกล่าว จนกระทั่งการประชุมการ จัดตั้งศูนย์ฯ ครั้งที่ 2 เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2561 ที่ประชุมพิจารณาเห็นชอบข้อเสนอให้การจัดตั้งศูนย์แก้ไขความพิการบน ใบหน้าและกะโหลกศีรษะ โดยมีโครงสร้าระดับมหาวิทยาลัเชียงใหม่ มีสำนักงานตั้งอยู่ที่คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ และในวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2562 สภามหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ได้มีมติอนุมัติให้จัดตั้งศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลก ศีรษะเป็นส่วนงานในระดับมหาวิทยาลัย เพื่อให้สามารถดำเนินการได้อย่างมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น ก่อให้เกิดประโยชน์อันสูงสุด ต่อประเทศชาติในการดูรักษาทางการแพทย์ด้วยเทคโนโลยีที่ทันสมัยแก่ผู้ป่วยที่มีความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะในเขต 8 จังหวัดภาคเหนือตอนบน โดยได้ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณพระราชทานชื่อศูนย์ดังกล่าวว่า “ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและ กะโหลกศีรษะ มูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริฯ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่”

     วันที่ 14 มกราคม พ.ศ. 2565 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จ พระราชดำเนินมาทรงเปิด “ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและ กะโหลกศีรษะ มูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริฯ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่” ณ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัย เชียงใหม่ อำเภอเมือง จังหวัดเชียงใหม่ พร้อมทั้งทอดพระเนตร นิทรรศการแสดงประวัติความเป็นมาและการดำเนินงานของศูนย์ แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะฯ